Er wurde am 13. Januar 1866 in Vojny in der Nähe von Msensk, heute in der Oblast Orjol, geboren. Er studierte am Priesterseminar in Orjol und leitete dort seit seinem vierzehnten Lebensjahr den Chor. Später zog er nach Moskau, um das Konservatorium zu besuchen, konnte sich die Studiengebühren jedoch nicht leisten. Er erhielt ein Stipendium, das ihm den Besuch der Schule der Moskauer Philharmonischen Gesellschaft ermöglichte, wo er Unterricht in Komposition und Fagott erhielt. Er spielte Pauke, Fagott und Violine in Theaterorchestern und arbeitete als Kopist, um sein Einkommen aufzubessern.
Im Jahr 1892 empfahl Tschaikowsky Kalinnikov den Direktoren des Maly-Theaters und des Italienischen Theaters in Moskau. Da Kalinnikov jedoch an Tuberkulose erkrankte, musste er diese Aufgaben aufgeben und auf die Krim ziehen. Er verbrachte den Rest seines Lebens in Jalta und schrieb dort die meisten seiner Musikkompositionen, darunter die beiden Symphonien und die Bühnenmusik für „Zar Boris“ des Dramatikers Alexei Tolstoi (Cousin von Leo Tolstoi).
Maßgeblich für seinen Erfolg war die zwischen 1894 und 1895 entstandene Sinfonie Nr. 1 in g-Moll, in der er die zyklische Form verwendet. Es wurde am 20. Februar 1897 in Kiew und anschließend noch zu Lebzeiten des Komponisten in Berlin, Wien, Moskau und Paris aufgeführt. Es wurde jedoch erst nach seinem Tod veröffentlicht. Die Rechte dienten dem Lebensunterhalt von Kalinnikovs Witwe. Mit der Hilfe von Sergei Rachmaninow gelang es Kalinnikov, drei seiner Lieder für 120 Rubel an Jurgenson, auch Tschaikowskys Verleger, zu verkaufen. Später veröffentlichte Jurgenson auch die 2. Sinfonie in A-Dur.
Er starb am 11. Januar 1901, wenige Tage vor seinem 35. Geburtstag, an Tuberkulose.
Die Sinfonie besteht aus vier Sätzen:
Allegro moderato (g-Moll)
Andante Bequem (Es-Dur)
Scherzo: Allegro non troppo (C-Dur)
Finale: Allegro moderato (G-Dur)
Der erste Satz ist in Sonatenform gehalten und beginnt mit dem Hauptthema, das von den Streichern unisono gespielt wird. Auch das zweite Thema wird von den Streichern vorgetragen, im Hintergrund sind Holzbläser zu hören. Der Durchführungsteil ist kontrapunktischer Natur und erinnert an die Fugen, die Kalinnikov in den 1880er Jahren komponierte. Der zweite Satz beginnt mit einem Ostinato der Harfe und der ersten Violinen, das in ein Solo für Englischhorn und Bratschen übergeht. Anschließend wird das Hauptthema des Satzes von der Oboe auf gezupften Saiten gespielt. Der dritte Satz, ein Scherzo, enthält Einflüsse und Melodien der russischen Volksmusik und beinhaltet ein Trio, das mit Blasinstrumenten gespielt wird. Das Finale beginnt mit dem Hauptthema des ersten Satzes, bevor die Themen aller vorhergehenden Sätze aufgegriffen und transformiert und auch neue, aus alten abgeleitete Themen aufgenommen werden. Die Sinfonie endet mit einem triumphalen Finale, das vom gesamten Orchester gespielt wird. Eine typische Aufführung dauert etwa 40 Minuten.